1.病原菌
可由多种致病菌引起，以大肠埃希杆菌感染最多，其次为副大肠杆菌、变形杆菌、产气杆菌、链球菌、克雷白杆菌、铜绿假单胞菌、葡萄球菌、鼠伤寒沙门菌等，偶可由支原体、病毒或真菌引起。
2.感染途径 有以下几种：
(1)血行感染 为新生儿期泌尿系感染的最常见途径，常见于败血症、化脓性脑膜炎、肺炎、脓疱病等过程中，与新生儿免疫功能较低有关。
(2)上行感染 新生儿尿路的特点是肾盂和输尿管较宽，输尿管管壁肌肉和弹力纤维发育不良，弯曲度大，易被压和扭转，易有尿潴留引流不畅而致感染;新生儿膀胱-输尿管连接处的瓣膜功能较弱，当膀胱充盈压力增高时，尿液易向上逆流而感染。新生儿女婴尿道仅长1cm(性成熟期为3～5cm)，外口暴露且距肛门甚近，故上行感染机会多。新生儿男婴虽尿道较长，但每次排尿时膀胱内尿液不易排空，尤其有包茎的小儿，污垢积聚也易发生上行感染，以上特点均为上行性感染易发生的因素。
(3)淋巴感染 肠道与肾脏、泌尿道之间有淋巴通路，新生儿肠道感染，尤其患大肠埃希杆菌性肠炎和鼠伤寒沙门菌肠炎时，易致泌尿系感染。
(4)直接感染 较少见，但邻近器官或组织有化脓性感染，如化脓性腹膜炎、肾周围脓肿等，可直接波及泌尿道而感染。