对怀疑有泌尿系统感染的新生儿，应予以广谱抗生素治疗，直到药物敏感试验提示有效单个药为止，同时须注意有无尿路畸形等异常。
1.药物治疗
在做完尿培养后应即刻静脉给予抗革兰阴性菌的抗生素。氨苄西林(氨苄青霉素)及氨基糖苷类是最常用的。
2.尿路梗阻治疗
由于抗生素能随尿流到达感染处，早期抗感染治疗对大多数患儿有效。患急性肾盂肾炎新生儿，抗感染治疗72小时后热不退，应怀疑有潜在梗阻的可能。已知有尿路梗阻的新生儿发生泌尿系统感染，必要时应行经皮肾造瘘术;对严重或有肾功能不全的泌尿系统感染新生儿，暂时性排尿措施亦有助于稳定病情。
3.有尿路畸形等异常时
泌尿系统感染的新生儿，若怀疑有先天性尿路畸形、尿路梗阻和膀胱输尿管反流可能，在急性感染控制后，应预防性抗生素治疗(氨苄西林每天12.5mg/kg)，直至放射影像检查排除上述疾病可能。