婴儿胆汁淤积症病因很多，主要可分为肝细胞损害，肝内胆管及肝外胆管疾病三大类，仅就其中一些主要病因分述于下：
1.病毒性肝炎
至今尚无甲肝病毒(HAV)经胎盘引起婴儿宫内感染的报道，我国是肝炎高发地区，孕母多数具有甲肝IgG抗体，使婴儿获得被动免疫，因此3个月以下婴儿发生甲肝的机会甚小。
乙型肝炎(HBV)及HBsAg携带者可通过产时，宫内及产后发生母婴传播，以产时感染为主要途径，母婴感染率为 20%～50%，母HBeAg阳性者，感染率更高，但被感染婴儿多在生后3个月起，HBsAg陆续开始阳转，其中少数伴ALT轻度增高，HBV宫内感染率一般报告为2.5%～7.7%，但近年通过脐血淋巴细胞及(或)血清HBV DNA测定，证实宫内感染率可高达22%，HBV宫内感染，除极个别曾报告引起暴发肝炎外，一般均表现为HBsAg持续或一过性阳性，罕见引起胆汁淤积症状，HBV产后感染，发病多在3个月以后，因此3个月以内发病的胆汁淤积，由HBV引起者，实际并不多见，尤其母HBsAg等阴性者。
近年已证实丙肝病毒可通过母婴传播，婴儿多在生后3～12周发病。
2.巨细胞包涵体病毒(CMV)
在我国CMV是引起胆汁淤积最主要病原，近年采用聚合酶联反应(PCR)技术，检测婴儿肝炎病儿尿中CMV DNA，结果阳性率高达67%～78.3%，而健康儿童对照仅为14.7%～36.8%(P<0.01)。
3.弓形虫病
农村显著高于城市，先天弓形虫感染可引起流产，早产及死产;存活病例可为隐性感染，也可出现症状，部分病儿可引起胆汁淤积，先天感染诊断可根据血清弓形虫IgM抗体阳性(如间接荧光抗体试验)或体液中检测到弓形虫(包括其抗原或DNA阳性)，本病对磺胺，乙胺嘧啶，螺旋霉素及克林霉素均有效。
4.静脉高营养
新生儿采用静脉营养2周以上，20%～35%小儿可发生胆汁淤积，早产儿可达30%～50%，已证实主要与氨基酸有关，停用静脉营养1～4个月，肝功能及肝病理变化一般均可恢复。
5.α1-抗胰蛋白酶(α1-AT)缺乏
α1-AT是一种糖蛋白，由肝脏合成，具有较强蛋白酶抑制作用，缺乏时引起肝损害的确切机制尚不详。
6.Zellweger综合征
又称脑-肝-肾综合征，其特点是智能低下，特殊面容(前额突出，前囟大，眼距远，有内眦，严重肌张力低下，多发性骨骼畸形，如软骨钙化，股骨骺脱离，肾脏皮层囊肿多无症状，本病系胆酸代谢异常所致，病儿多在6个月以内死亡。
7.肝内胆管发育不良
本症可分两型：
(1)Alagille-Watson综合征 又名动脉肝脏发育不良，此型预后良好，很少发展为肝硬化。
(2)无症状型 无上述表现，临床难与胆道闭锁及特发婴儿肝炎区分，预后差，进行性发展为肝硬化，诊断主要依靠肝活检。
8.胆汁黏稠综合征
一般都发生在新生儿严重溶血症后，正常人的结合胆红素80%～90%为二葡萄糖醛酸胆红素，新生儿肝脏葡萄糖醛酸转移酶活性低，当溶血产生大量游离胆红素时，结合胆红素多数以一葡萄糖醛酸胆红素被排至胆道，该结合胆红素溶解度低，容易形成沉淀而阻塞胆管。