间断或进行性腹胀、便秘，生后排胎便异常，同时可伴呕吐、肠炎腹泻，严重时出现生长发育迟缓，应考虑先天性巨结肠诊断，借助相关辅助检查手段通常诊断容易。
与腹胀、便秘相类似的疾病较多，外科常见的有先天性乙状结肠冗长症、肠动力障碍症、巨结肠类源病、其他原因引起的继发性巨结肠等，内科方面常见的有遗传代谢性疾病(如甲状腺功能低下等)、功能性便秘、肠炎等。
新生儿及小婴儿由于发病早、病程短、症状体征不典型，尤其短段型及常见型巨结肠可能尚未出现明显的病理改变，所以早期诊断相对困难，应仔细研究病史、体征，结合辅助检查手段，综合判断，全面考虑，以求做出准确科学的判断。