来自中肾管的输尿管芽下端腔化，与膀胱逐渐相通，在最后形成一层隔膜时，如果最后因为某种原因隔膜没有被吸收或破裂，则可在输尿管口造成狭窄、梗阻、导致输尿管扩张，形成输尿管囊肿;另一种原因可以是输尿管鞘发育不良，导致膀胱输尿管黏膜松弛，形成囊肿，对于输尿管没有进入膀胱者，则可开口于前庭、阴道、尿道等处，表现为遗尿症。对于男性，如果异位开口于外括约肌以上的膀胱颈、后尿道、精囊、射精管及直肠等处，此时可无遗尿症状。
输尿管可分别进入膀胱，亦可在不同部位汇合成一条输尿管进入膀胱，称y形输尿管，分别进入膀胱的输尿管中;来自下肾的输尿管一般正常，常无积水，其开口亦从正常部位进入膀胱;而来自上肾的输尿管常有积水，其进入膀胱部位亦不正常，常自正常输尿管口的下内方进入膀胱。