治疗血吸虫病的药物有吡喹酮、呋喃丙胺、硝硫氰胺等药物，但目前吡喹酮为首选药物。
1.吡喹酮
为一种新的广谱抗蠕虫药，对人体3种主要血吸虫和丝虫均有杀虫效果。动物实验性治疗结果，可认为吡喹酮是毒性低、疗程短和疗效高的抗血吸虫药。主要有头昏、头痛、乏力、轻度腹痛等，不需处理，于停药后数小时内消失。个别患者肝功能试验谷丙转氨酶可增高。少数患者出现早搏，但治疗前后心电图与脑电图均未见有规律性变化。吡喹酮治疗日本血吸虫病有显著疗效。粪便孵化于第18～20日内阴转，近期疗效达100%。
2.呋喃丙胺
该药对血吸虫童虫和成虫均有一定杀灭作用。各地实践经验认为，呋喃丙胺20天疗法具有较高疗效。主要是食欲减退、恶心、呕吐、腹痛和腹泻，偶有便血者。肌痉挛为呋喃丙胺的特殊副作用。精神神经症状，主要见于晚期血吸虫病肝动物代偿失全的患者，可表现为记忆力减退、沉默寡言、抑郁淡漠，意识模糊或哭笑无常、幻听幻视等，少数患者在疗效中出现轻度肝、肾功能损害，停药后迅速恢复。
3.硝硫氰胺
广谱驱虫药，本药的副作用以神经系统症状为多见，如头昏、头痛、眩晕、乏力、嗜睡或失眠、步态不稳、眼球震颤、多法和肌肉颤动等。少数可出现精神症状以及消化系统症状。对于肝功能代偿不良的晚期血吸虫病患者、急性肝炎恢复期未满1年和慢性肝炎、精神病史、孕妇、哺乳期妇女以及有心、肾等慢性疾病而体质虚弱者禁用。