结核杆菌为专性需氧菌，对某些理化因子的抵抗力较强。结核杆菌无内毒素，也不产生外毒素和侵袭性酶类，其致病作用主要靠菌体成份，特别是胞壁中所含的大量脂质。脂质含量与结核杆菌的毒力呈平行关系，含量愈高毒力愈强。结核杆菌的致病作用可能是细菌在组织细胞内顽强增殖引起炎症反应，以及诱导机体产生迟发型变态反应性损伤有关。结核杆菌可通过呼吸道、消化道和破损的皮肤粘膜进入机体，侵犯多种组织器官，引起相应器官，引起相应器官的结核病。
咽结核多为肺结核病人痰中结核杆菌接触损伤的咽部粘膜而发病，或由喉结核向上蔓延而来，也可发生于结核杆菌的血行播散。