1.钩端螺旋体病 恙虫病流行区亦常有钩端螺旋体病存在。而且，两者均多见于夏秋季节，均有发热、眼结膜充血、淋巴结肿大等，故应注意鉴别。钩端螺旋体病常有腓肠肌痛，眼结膜下出血，早期出现肾损害，而无皮疹、焦痂或溃疡。必要时可作血清学与病原学检查，血清钩端螺旋体凝集溶解试验阳性。
2.斑疹伤寒 多见于冬春季节及寒冷地区，有虱寄生史或被鼠蚤叮咬史，有发热、斑丘疹，但无焦痂、无淋巴结肿大。血清变形杆菌凝集反应时OX19为阳性，而OXK则为阴性。
3.伤寒 发病前常有不洁食物进食史。起病缓慢，体温逐渐升高，相对缓脉、表情淡漠、腹胀、便秘、右下腹压痛、玫瑰疹常见。血液白细胞总数下降，嗜酸性粒细胞减少或消失。肥达反应可阳性，血液、骨髓培养可有伤寒杆菌生长。
4.败血症 常有原发性感染病灶。弛张热型、不规则热型常见。由革兰阳性细菌所致者皮肤较常出现皮疹或花纹样改变，由革兰阴性细菌所致者则较常发生休克。血液白细胞总数升高，中性粒细胞增多，有核左移现象。外-斐反应阴性，血液、骨髓培养可有致病菌生长。
5.登革热 发病前曾在登革热流行区居住或逗留，有日间被伊蚊叮咬史，多于夏秋季发病。头痛、全身疼痛较显著。较常同时出现斑丘疹和皮下出血点。血液白细胞总数和血小板常减少。可从病程短于3天患者的血清中分离出登革病毒。血清中抗登革病毒抗体阳性。
6.流行性出血热 高热时头痛、腰痛和眼眶痛较明显，体温下降时较常出现休克，皮下出血点、瘀斑常见，少尿或无尿常见。血液白细胞总数升高，异型淋巴细胞常超过10%，血小板明显减少。血液尿素氮和肌酸酐水平随着少尿或无尿时间的延长而逐渐升高。血清中抗流行性出血热病毒的特异性抗体阳性。
7.其他 同时，亦应注意与流行性感冒、疟疾、急性上呼吸道炎、恶性组织细胞病、淋巴瘤等作鉴别诊断。