潜伏期较短，一般仅3～5天，最多7～15天。早期会出现味觉和嗅觉异常，此为病原体侵入的反应。常以剧烈头痛、高热、喷射性呕吐等症状开始，继则出现全身性或局限性癫痫发作，并有明显的脑膜刺激症状，如颈项强直、凯尔尼格征及布鲁津斯基征阳性等。多数在数天内转入谵妄、瘫痪及昏迷。由于本病为一种暴发性和致命性的脑膜脑炎，患者体内几乎来不及引起保护性的细胞和体液免疫反应。因此，常在1周内因严重脑水肿，导致呼吸、循环中枢衰竭而死亡。据报道目前所有原发性阿米巴脑膜脑炎病例中，经医院抢救后幸存者不足10例。
可从以下几方面加以诊断。
1.流行病学史 多在夏季发病，起病前5～7天曾在不流动的湖水或温热水中游泳史。
2.有上述中枢神经系统病变的临床表现。
3.CT检查脑部显示有弥漫性密度增高区域，并累及灰质。脑部及脑脚间处的脑池间隙闭塞，大脑半球上部环绕中脑和蛛网膜空间的亚显微结构均消失。
4.腰椎穿刺显示颅内压明显增高[2.94～6.37kPa(300～650mm H2O)]，脑脊液中红细胞数平均为2.78×109/L，多形核白细胞百分率增高，蛋白质增加，糖含量下降。脑脊液镜检或体外培养确认为福氏耐格里阿米巴滋养体，才能确诊。
