巨球蛋白血症所致的肾损害主要是由于下列原因：肾脏淋巴样细胞浸润;高黏滞血症;淀粉样变性;免疫介导的肾小球肾炎，主要是IgM在肾组织中沉积。
WM病因未明，但已有研究发现该病患者的异常增生B细胞存在细胞表面分子变异及其染色体异常。但已有WM呈家族发病的报告一家4兄弟，各个体血清存在抗原性不同的IgM，且各个体表现不尽相同，如WM、未定性的单克隆免疫球蛋白病(MGUS)、伴有周围神经病变的MGUS及原发性淀粉样变;另外，12个亲属中有5个出现血清免疫球蛋白水平包括IgA、IgG和IgM升高，提示免疫球蛋白合成存在异常。
1.细胞表面标记的变异
细胞表面标记研究提示WM患者在B细胞分化早期阶段出现异常，与多发性骨髓瘤患者出现浆细胞异常有区别。WM细胞表达正常B细胞所有表面抗原(CD19、CD20和CD24)，但大约75%的WM患者只表达一种轻链(κ链)与正常B 细胞不同的是WM中B细胞常表达CD9、CD10(CALLA)和CD11b，并可能表达CD5。WM中的淋巴细胞、浆细胞和浆细胞样淋巴细胞均来源于同一克隆，但其成熟程度不同，且发现其B细胞在不同的分化阶段表达CD45同分异构体是不均一的。
2.染色体异常
WM常见细胞染色体异常，但目前尚未扫描出特异性异常。
