1.风湿热 可有发热、心瓣膜损害等症状，有时与本病难于鉴别。凡有器质性心脏病病人有不明原因发热持续一周以上，需考虑本病的可能。风湿热时贫血现象较轻，P-R间期延长较多见，抗风湿治疗有效;而皮肤瘀点、杵状指、脾肿大、血尿、栓塞现象、进行性贫血、血培养阳性及超声心动图瓣膜有赘生物等则见于心内膜炎。有时感染性心内膜炎可与风湿热并存。如经敏感抗生素足量治疗而仍不退热，应疑及合并风湿活动，必要时试行抗风湿治疗。
2.左房黏液瘤 可有发热、栓塞及心脏杂音等;但血培养阴性，无脾肿大，超声心动图可显示肿瘤及其活动图像。
3.脑血管意外
4.此外，感染性心内膜炎还要注意与下列情况疾病鉴别;
(1)发热性疾病如风湿热、系统性红斑狼疮鉴别。
(2)与心脏病并发其他感染鉴别。如风心病、先天性心脏病患者合并肺部、胃肠道或泌尿生殖道感染伴发热。
(3)以发热为主要表现而心脏体征轻微者，需与伤寒、疟疾及结核等疾病鉴别。
(4)与其他原因所致的栓塞进行鉴别：如脑栓塞，需与脑血栓形成、脑卒中等鉴别;肾栓塞，需与肾结石、急性肾小球肾炎等鉴别;肢体动脉栓塞，需与脉管炎鉴别;肠系膜动脉栓塞，需与急腹症鉴别;冠状动脉栓塞，需与冠状动脉粥样硬化或冠状动脉炎等所致的心绞痛、心肌梗死鉴别。
