幽门螺杆菌感染现在主要靠抗幽门螺杆菌药物进行治疗。尽管幽门螺杆菌在体外对许多抗菌药物都很敏感，但是在体内用药并不那样如意。目前不提倡用单一的抗菌药物，因为它的治愈率较低，且易产生耐药性。
治疗方案的选择原则是：
1.采用联合用药方法;
2.幽门螺杆菌的根除率>80%，最好在90%以上;
3.无明显副作用，病人耐受性好;
4.病人经济上可承受性。判断幽门螺杆菌感染的治疗效果应根据幽门螺杆菌的根除率，根除是指治疗终止后至少在一个月后，通过细菌学、病理组织学或同位素示踪方法证实无细菌生长。
根除幽门螺杆菌前应先注意口腔卫生。使用一段时间漱口水和抑菌牙膏，修复口腔问题如蛀牙，牙垢，牙结石等。可以先更换牙具，口杯、水杯、不锈钢保温杯不要混用，并且经常要蒸煮消毒，特别是在药物治疗期间，分餐消毒碗筷。
目前国内外常用的抗幽门螺杆菌药物有胃复春片、羟氨苄青霉素、甲硝唑、克拉霉素、强力霉素、呋喃唑酮、有机胶态铋剂、胃得乐、乐得胃等。溃疡病患者尚可适当结合应用质子泵抑制剂或H2受体拮抗剂加上两种抗生素，或者质子泵抑制剂(如奥美拉唑)加上一种抗生素。疗程一般为两个星期。由于治疗幽门螺杆菌感染的抗菌方案的广泛应用，有可能扩大耐药性问题的产生。因此，将来替换性的治疗或预防策略，如疫苗预防或免疫治疗的研究是值得重视的。
