1、化脓性脑膜炎有高热、脉快，脑膜刺激征明显，但无局限神经定位征，脑脊液检查示白细胞和蛋白质增高。
2、血栓性窦感染为细菌栓子脱落，沿静脉窦扩散所致，表现为周期性脓毒败血症，不规则寒战、弛张热、脉快。末梢血粒细胞增加，但脑脊掖无改变，可借助脑超声、脑血管造影和CT扫描鉴别。
3、化脓性迷路炎由化脓性中耳炎所致，症状类似小脑脓肿，但头痛较轻，呕吐、眩晕严重，眼展多呈自发水平和旋转混合型，共济失调为双侧性或不明显，无脑膜刺激征，无视盘水肿，腰椎穿刺检查无异常。
4、脑肿瘤，发病缓授，无感染病史，仅颅内压增高，脑脊液细胞正常，经颅平片、血管造影、叮扫描不难鉴别。
5、硬膜外或破膜下积脓常与脑脓肿合并存在，很少独立发生。