乙肝相关肾炎需与其他病因所致肾炎相鉴别，如系统性红斑狼疮肾炎、特发性膜性肾病、链球菌感染后肾小球肾炎等。
1.狼疮性肾炎 诊断HBV相关性肾炎首先必须排除狼疮性肾炎。较多的狼疮性肾炎患者肾组织活检中可见有HBsAg沉积物，与HBV相关性肾炎的病理相似，但狼疮性肾炎等无乙型肝炎的临床依据。HBsAg的沉积物是非特异性滞留或是导致狼疮性肾炎的依据，其意义目前尚不清楚。且狼疮性肾炎的临床与病理表现复杂，常表现为多系统的广泛损害，可综合其临床表现，以及检测狼疮细胞、抗核抗体、Smith抗体和肾组织活检加以鉴别。
2.特发性膜性肾病 特发性膜性肾病多发生于儿童、于儿童HBV相关性肾炎相似，但除临床表现外，在肾脏病理表现方面二者并不完全一致。特发性膜性肾病其膜性病变极少伴有系膜区沉积物，亦未发现内皮下有沉积物;而HBV-MN其膜性病变多样伴有系膜区免疫复合物沉积，部分伴有内皮下沉积，且其系膜细胞有结节性增殖，电镜下可见内皮下有无免疫复合物沉积，可作为二者的鉴别方法。
