2.防止体内正常厌氧菌群：或体外厌氧菌引入伤口、闭合空腔等。对外伤伤口应尽快彻底清创，去除异物和无效腔，重建良好的血供;腹部贯穿性外伤，尤其是累及结肠时，有预防应用抗生素的指征。慢性病灶如慢性中耳炎、鼻窦炎、乳突炎应予积极治疗，以预防颅内厌氧菌感染。体弱、神志不清或有吞咽困难者，进食时应注意防止吸入。有瓣膜病变的心脏病患者行牙科、口腔手术时应予预防性抗菌治疗，为预防产后败血症应注意胎膜早破、产程延长和产后出血的处理。
及时处理感染使之在扩散前被局限于特定的部位可以预防严重的厌氧菌感染。仔细地清洁伤口，清除异物和早期开始抗生素治疗是有效的预防措施。在腹部外科手术前后及手术时静注抗生素被用于预防感染。