直肠脱垂的治疗依年龄、严重程度的不同而不同，主要是消除直肠脱垂的诱发因素;幼儿直肠脱垂以保守治疗为主;成人的黏膜脱垂多采用硬化剂注射治疗;成人的完全性直肠脱垂则以手术治疗为主。
1.一般治疗
幼儿直肠脱垂有自愈的可能，应注意缩短排便时间，便后立即将脱出直肠复位，取俯卧位，用胶布固定双臀等。成人也应积极治疗便秘、咳嗽等引起腹压增高的疾病，以避免加重脱垂程度和手术治疗后复发。
2.药物治疗
将硬化剂注射到脱垂部位的黏膜下层内，使黏膜与肌层产生无菌性炎症，粘连固定。常用硬化剂为5%石炭酸植物油、5%盐酸奎宁尿素水溶液。对儿童与老人疗效尚好，成年人容易复发。
3.手术治疗
成人完全性直肠脱垂的手术方法很多，各有优缺点和不同的复发率。手术途径有4种：经腹部、经会阴、经腹会阴和经骶部。前两种途径应用较多。
直肠悬吊固定术治疗直肠脱垂疗效肯定。术中游离直肠后，可通过多种方法将直肠、乙状结肠固定在周围组织上，主要为骶前两侧的组织上，注意勿损伤周围神经及骶前静脉丛;可同时缝合松弛的盆底筋膜、肛提肌，切除冗长的乙状结肠、直肠。
经会阴手术操作安全，但复发率较高。可将脱出的直肠甚至乙状结肠自肛门直接切除缝合。直肠黏膜脱垂可采用痔环行切除术方法切除脱垂黏膜。年老、体质虚弱者可简单地行肛门环缩术，即用金属线或涤纶带在皮下环绕肛门，2～3个月后取出皮下埋置物，使肛门缩紧以阻止直肠脱垂。