原发性和继发性AEF最常见的症状是胃肠道出血，腹部搏动性肿物和感染、体温升高。患者常常主诉消瘦、无力、体重减轻、发热、腹痛或腰痛，但这些都不是其特异症状，若这些症状发生于腹主动脉移植后的几个月或几年，则应早期给予检查有否AEF的可能。绝大部分继发的AEF病者表现为胃肠道出血，可以为大量的出血，但亦可为少量的出血，表现为大便潜血，多数出血初为间歇自限性的，即所谓信号性出血。若出血严重可导致心肌缺血，下肢坏死，肾功能衰竭或出现不可逆性休克。报道AEF患者66%有胃肠道出血，48%表现为急性出血，其他则为慢性、陈旧性或反复出血。但亦有报告94%表现为出血症状。由于移植血管或吻合口处形成的假性动脉瘤内的血肿细菌感染(源于手术的污染或附近肠道的渗出)，故有患者为寒战、发热、乏力或旧切口处有引流液流出。
病史或检查中有下列线索，应怀疑主动脉肠道瘘：①病人原仅有无痛性(或略痛、不适)的腹部搏动性肿块病史，近期出现腹痛或疼痛突然加剧，并涉及到腰背部时，常是动脉瘤破裂先兆。②腹部脐周可触及一膨胀性、搏动性肿块，并可听到收缩期杂音，但出血具有间歇性的特征。对于病情不稳，胃肠道持续出血者则常须手术探查方能确定其诊断。对于出血量不多或间歇出血的患者病情允许时，则须检查有无移植物的感染可能，有无败血症的发生。影像学检查和内镜可提供直接和间接的证据，然而，各种检查无一能够提示极其可靠的诊断，必须结合临床病征考虑，有时须剖腹探查才能获得诊断。