起病突然，伴持续高热，头痛、咽喉痛、非化脓性结膜炎、深度嗜睡、间歇性神志模糊而无局灶性神经系统体征，呕吐、大量水泻和弥漫性日晒样红皮病。该综合征可在48小时内进展到直立性低血压，昏厥、休克和死亡。在起病后第3日和第7日之间，可发生皮肤落屑并导致表皮剥脱，尤见于手掌和足底的皮肤。其他器官也常受累，可引起轻度非溶血性贫血，以未成熟粒细胞为主的中等度白细胞增多以及早期的血小板减少和随后的血小板增多。虽然临床上有重要意义的出血现象罕有发生，但凝血酶原时间和部分凝血时间却有延长倾向。在疾病的第1周，化验常可发现肝功能异常(肝炎)和横纹肌溶解。心肺受累也可发生，表现为周围水肿和肺水肿(中央静脉压异常低，提示成人呼吸窘迫综合征)，尤其在儿童可发生严重低血压和肢体血灌流量不足，并且几乎都有肾功能异常，其特征为尿量排出减少以及血尿素氮和肌酐增多。
中毒性休克综合征类似Kawasaki综合征(粘膜皮肤淋巴结综合征)，但可根据临床表现予以鉴别。Kawasaki综合征一般发生于5岁以下的儿童，不引起休克，氮质血症或血小板减少，皮疹为斑丘疹。其他还应考虑鉴别的有猩红热、Reye综合征、葡萄球菌性烫伤皮肤综合征、脑膜炎球菌菌血症、落矶山斑疹热、钩端螺旋体病和病毒性出疹性疾病。这些疾病可根据特异性的临床表现，培养和血清学试验加以排除。
