需根据病变及体征分别考虑，目的是保持有功能的尿道。

第Ⅰ型副尿道无症状者可不予治疗;轻度感染者可用抗生素治疗。症状严重者可将副尿道切除或用电凝器烧灼，注入硬化剂使副尿道封闭，但可使阴茎下弯加重，发生阴茎勃起疼痛。

第Ⅱ型副尿道的外口在阴茎头部者，可将两个尿道之间的间隔切开，使两条尿道变成一条。副尿道开口于阴茎者，远端尿道呈索状，若有阴茎畸形，需行索状尿道切除，矫正阴茎下弯。第Ⅱ型副尿道通向会阴部者，可单纯切除。通向直肠者可将副尿道切除，行尿道直肠瘘修补。