对青少年型牙周炎的病因虽然尚未完全明了，但对本病病因的研究是目前牙周病学领域最广泛和深入的课题之一。已能肯定微生物和机体防御能力的缺陷是引起本病的两个主要因素。
1.微生物 青少年型牙周炎病变部位的龈下菌斑较薄(20～200μm)，一般不钙化，以非附着菌斑为主，放线共生放线杆菌 (A.actinomycetemcomitans)和嗜二氧化碳噬纤维菌(Capnocytophaga)被认为是青少年型牙周炎的主要可疑致病菌，但青少年型牙周炎的龈下菌群极为复杂，各家报道也有差异。近年来有人提出假设，认为放线共生放线杆菌可能是最初发病时的主要致病菌，一旦疾病成立和加重后，牙周袋加深，炎症加重，龈下的生态环境改变，使一些严格厌氧菌如类杆菌、艾肯菌、具核梭杆菌等成为优势菌，伴放线杆菌不再占主导。实际上，上述细菌都是口腔内的常驻菌，只是由于菌斑生态环境或机体条件的改变，使它们之间的比例发生变化。
2.全身背景 已有大量研究证明，青少年型牙周炎患者有外周血中性多形核白细胞趋化功能异常，这种缺陷带有家族性。