新生儿细菌性肠炎的治疗方法如下：
1. 对症治疗：根据临床表现，如腹泻、呕吐等，给予相应的对症治疗。例如，可以使用肠黏膜保护剂蒙脱石散来保护肠道黏膜，减轻腹泻症状。
2. 抗菌治疗：主要根据大便细菌培养和药物敏感试验结果，选择相应的抗菌药物进行治疗。常用的抗菌药物有第三代头孢菌素、青霉素、甲硝唑等。
3. 支持治疗：主要是通过静脉输液来补充水和电解质，以纠正脱水、酸中毒及电解质紊乱。同时，给予营养支持治疗，以补充足够的营养物质。
需要注意的是，新生儿用药需谨慎，必须在医生的指导下使用。同时，家长需要注意孩子的饮食卫生，避免细菌的传播和感染。