肩胛骨和肋骨深呼吸时有点疼的原因可能是肋骨或肩胛骨周围的肌肉或软组织受到了损伤或炎症。这种疼痛可能会影响呼吸深度和频率，导致呼吸困难和不适。治疗方法包括：
1. 休息：避免过度活动或重复使用肌肉，给身体充分的休息时间。
2. 热敷或冷敷：使用热敷或冷敷可以缓解疼痛和炎症。
3. 按摩：轻柔按摩疼痛区域可以促进血液循环和缓解肌肉紧张。
4. 药物治疗：可以使用非处方药物如布洛芬或阿司匹林来减轻疼痛和炎症。
5. 物理治疗：如果疼痛严重或持续时间较长，可以考虑接受物理治疗，如理疗或针灸。
总之，肩胛骨和肋骨深呼吸时有点疼的原因可能是肌肉或软组织受到了损伤或炎症。通过休息、热敷或冷敷、按摩、药物治疗和物理治疗等方法可以缓解疼痛和促进康复。如果疼痛持续或加重，应及时就医。