激光治疗尖利湿疣是否疼取决于湿疣的大小和数量，以及选用何种麻醉方法，在没有麻醉的情况下，会很疼，在麻醉的情况下，疣的数量很小，而不是很大，在进行治疗时，疼痛将明显减轻。
如果湿疣很小，比如1-2毫米，2-3毫米疣体，在治疗时没有疼痛，若是湿疣稍大一点，像绿豆或小豌豆，仍然会有一些疼痛。一般情况下，激光治疗过程中，还要用利多卡因乳膏，完全部分麻醉的时间约为40分钟。疣的数量较大，或单个疣较大，应该选用打针麻醉，在治疗区域皮下打针利多卡因，治疗期间不会有疼痛，但打针期间会有一些疼痛。
激光治疗的尖利湿疣或许复发，因此治疗后患者应加强锻炼，提高免疫力，由于激光治疗尖利湿疣会有疼痛感，不过大多数患者可以耐受。毕竟这是一种由人乳头瘤病毒感染引起的一种性传染疾病，主要产生在生殖器和肛周疣，而激光治疗尖利湿疣的原理是用激光的热效应使部分疣体汽化或碳化，所以存在一定的创伤。在激光治疗之前，部分区域将被利多卡因等浸泡，麻醉会有点疼痛感，一般3-5分钟后，麻醉剂将生效，患者不会感到疼痛。