通过病史有无产伤，有无不适当操作损伤了喉返神经有无气管插管机械通气史，以及母亲孕期营养状况有无低钙血症表现等，加之直接喉镜检查和影像学检查，可使我们鉴别是先天性还是后天性喉鸣并明确各种病因诊断。
为了排除婴儿性手足搐搦症中所见的喉痉挛有时需要测定血清钙。此外，尚应与下列疾病相鉴别：
1.喉部其他疾病 先天性喉囊肿可发生在声门上区或会厌附近，在新生儿期表现喉喘鸣及吸气性呼吸困难，当侧卧或头后仰时症状可有不同程度的缓解一般无声嘶进行直接喉镜或纤维喉镜检查即可确诊应尽早行摘除手术。
2.气管异常 先天性气管蹼、气管狭窄等都可引起喘鸣。气管软骨环软弱、畸形岛状残余或缺如，马蹄形气管环变平，均可使气管壁软弱抵抗不住气管腔外的压力，或因气管壁的膜部贴近气管前壁，使气管会厌萎陷，均可发生喉喘鸣。
此外，亦可继发于气管或支气管长期受压而引起喉鸣或呼吸困难，如颈部肿瘤肿大的淋巴结及胸腺肥大均可压迫气管及支气管导致继发性软化而引起喉鸣及呼吸困难胸片、气管碘油造影、纤维支气管镜胸部螺旋CT等检查有助诊断。
3.小下颌 其特点为下颌小、舌厚短或相对较大，吸气有鼾鸣音，并有明显吸气性呼吸困难。当吸气时患者下颌向后口紧闭内缩舌根向后坠，软腭上提，使鼻咽腔堵塞，造成严重呼吸困难以剑突内陷最为明显因此临床上有时误认为先天性漏斗胸如令患儿取侧卧或俯卧位，用手托起下颌呼吸困难当即缓解。病儿常因呼吸困难不能正常哺乳以致营养不良并发呼吸道感染。一般只置患儿于侧卧位，有时用简单的下颌支架将下颌举起，亦可沿口角放入一硅胶管改善通气。
根据病史及症状一般不难做出新生儿喉喘鸣诊断而病因诊断除根据病史及临床特点外，应采用直接喉镜或纤维喉镜检查以确定喉部畸形的性质。直接喉镜检查常能明确先天性单纯性喉喘鸣喉部囊肿肿瘤、喉蹼会厌过大会厌两裂及声带麻痹等的病因诊断，但声门下和气管的病变须进行支气管镜检查确诊必要时做X线摄片及食管吞钡检查等，以尽早明确新生儿喉鸣的病因诊断。
