1.肛门先天性发育畸形
（1）神经系统发育缺陷先天性腰骶部脊膜膨出或脊椎裂可伴肛门失禁。病人外括约肌和耻骨直肠肌失去正常神经支配，无收缩功能，处于弛缓状态。且由于感觉和运动系统均受影响，直肠黏膜在粪便充盈时缺乏膨胀感，不能引起便意及发动排便动作，直肠内粪便随时排出。此种病儿往往伴有尿失禁。
（2）肛门直肠畸形肛门直肠本身及盆腔结构均发生改变，且直肠盲端越高，改变越明显，越复杂。高位畸形时直肠盲端位于盆膈之上，耻骨直肠肌短缩，明显向前上方移位；内括约肌缺如或仅处于雏形状态；外括约肌多处于松散状态，其间充满脂肪组织，肌纤维走行异常紊乱。其病因主要与畸形伴有感觉和运动神经组织结构的缺陷有关，也与手术损伤、手术错误有明显关系。
2.外伤
由于外伤损伤了肛管直肠环，使括约肌失去了括约功能而至大便失禁。如刺伤、割伤、灼伤、冻伤及撕裂伤（主要为产妇分娩时的会阴撕裂），以及肛管直肠手术的损伤，如肛瘘、痔、直肠脱垂、直肠癌等手术损伤了肛门括约肌致大便失禁。
3.神经系统病变
多见于脑外伤、脑肿瘤、脑梗死、脊髓肿瘤、脊髓结核、马尾神经损伤等均可导致大便失禁。
4.肛管直肠疾病
最常见的是肛管直肠肿瘤；如直肠癌、肛管癌，克罗恩病侵犯到肛管直肠并累及到肛门括约肌时，或溃疡性结肠炎长期腹泻引起肛管炎时，或直肠脱垂引起的肛门松弛，以及肛周的严重瘢痕影响到肛门括约肌，使肛门闭锁不全时均可引起大便失禁。
