一、非手术治疗
1、一般治疗。
2、药物治疗：轻症患者可应用镇静药及抗胆碱能药物；亚硝酸戊酯和硝酸甘油也有松弛平滑肌的作用，因而能缓解括约肌痉挛而发挥作用，但可有全身性的不良反应，且长期应用后可发生耐药现象而不能发挥作用；胰高糖素，缩胆囊素及蛙皮素尽管都可能有效，但由于其价格昂贵，使用不便及可能发生过敏反应，故而限制了其使用的广泛性；钙离子拮抗药如硝苯地平（心痛定）也可用于缓解括约肌痉挛。
有疼痛，慢性非结石性胆囊炎且可能存在感染者，应采用能在胆汁中发挥作用的抗生素；有十二指肠炎，高胃酸症或消化性溃疡与胆道运动功能障碍并存者，可采用抑制胃酸分泌及保护胃十二指肠黏膜的药物进行治疗，而对有胃酸缺乏者，需要时可加用0.5%稀盐酸口服以刺激食欲。
3、Oddi括约肌气囊：有人对疑为Oddi括约肌运动功能障碍的患者分别施行气囊扩张（Gruntzig气囊）术和假性扩张，气囊扩张术对Oddi括约肌基础压正常者可能无效。
4、括约肌切开术：内镜下括约肌切开术应用于胆道取石后不久，这项技术便开始应用于治疗括约肌运动障碍所致的胆性疼痛，而对静止压正常者疗效较差，由于胰管括约肌切开术的并发症发生率更高且疗效不佳，故多数学者认为不宜施行。
二、外科手术治疗
大多数患者经前述一般治疗和药物治疗后，临床症状均有不同程度的缓解，如果患者经保守治疗后症状仍不能缓解，亦不宜行内镜下括约肌切开术者，应考虑外科手术治疗。
因高张性胆囊而发生疼痛的患者，如经保守治疗无效，常常提示是非结石性胆囊炎发展到了胆囊壁纤维化阶段，此时应行胆囊切除术；对低张性胆囊经药物治疗无效者，有人报道认为切除右侧内脏神经后效果较好；有压迫症状或有大胆管狭窄者可行剖腹探查术，术中根据具体情况决定是否行括约肌切开成形术，其手术的疗效及并发症发生率与内镜下括约肌切开术类似。
总之，胆道运动功能障碍的治疗首先应考虑保守疗法，并应积极排除其他病变所致的胆道运动功能障碍，经保守治疗无效并经仔细权衡利弊后方可采用侵入性的治疗方法。
