由于咳嗽是许多疾病的一种非特异性症状，临床上进行确诊时必须详细询问病史、全面查体、做胸部X线或CT、气道反应性测定、肺功能、心电图、纤维支气管镜及一些特殊检查以排除一些可以引起慢性、顽固性咳嗽的其它疾病。
许多疾病伴有咳嗽症状，需要鉴别的疾病包括肺炎、毛细支气管炎、上呼吸道感染、反复呼吸道感染（recurrent respiratory tract infections，RRTI）、儿童哮喘、胃食道返流诱发的咳嗽、后鼻孔滴漏综合症（PNDS）、支气管内膜结核等诱发的咳嗽等，这些疾病是慢性咳嗽常见病因，在诊断咳嗽变异性哮喘时需要仔细排除这些疾病。
