对MC目前尚无特效的药物治疗。多数学者认为，MC是一种良性可逆性的非炎症性肠道黏膜病变，随着便秘症状的改善和泻药的停用，大量脂褐素经溶酶体消化、分解，MC的色素沉着可减轻甚至消失。因此，建议多食蔬菜、水果及纤维丰富的饮食，以及多喝水、多锻炼，以减少便秘或排便困难，养成良好的排便习惯，停用或不用含有色素的泻药而改用油性的缓泻剂，必要时使用胃肠动力药和微生态制剂等药物治疗缓解便秘，可减少MC的发病及逆转已经产生的病变。对直肠前突、直肠内套叠等一些可能引起黑变病的原因应给予治疗，如行直肠前突修补、内套固定术等。对于已经确诊为MC的患者，要定期随访肠镜，及时发现伴发的结肠息肉、腺瘤及结肠癌，早期内镜下进行高频电切或手术根除治疗。但对无服用泻药史而有本病者，治疗方法尚待进一步探讨。
