抗生素的应用要选择有效的药物，依感染部位和轻重来决定用药方法。虽然先通过细菌培养确定感染菌种选定最敏感的抗生素，然后用药最可靠，在一般情况下，有很严重的感染可凭经验用药。使用于眼部的抗生素，最好选择不用或少用于全身感染的药物，以免发生过敏反应。例如：新霉素、杆菌肽、多粘菌素B等常被用于结膜炎的治疗。不过四环素、氯霉素、庆大霉素、磺胺醋酰、磺胺甲基异恶唑和环丙沙星等虽然用于全身感染，亦用于眼睛感染，很少发生过敏反应。对于比较严重的感染，如角膜溃疡、眼眶蜂窝炎和内眼炎等应先用药敏实验决定有效的抗生素，然后用药。一般而言，如果用药2～3天后症状不见好转时，就应考虑改用其他药物。虽然眼药是用于眼部，但很多药物会被吸收到全身的循环系统，所以对于肾、肝病患者，应避免使用对肝、肾有害的抗生素。与全身感染用药不同，眼睛感染同时可用多种抗生素的混合制剂。
