此癌在临床上主要和下列三种病变相鉴别：
1.霰粒肿
⑴霰粒肿大多离睑缘较远，完全位于睑缘的霰粒肿比较少见。反之，癌期组织容易沿着睑板腺导管蔓延，故睑缘受累者多见。
⑵形态上这二者在早期阶段是十分相象的，不过在癌瘤，其病变表面的结膜往往比较粗糙，并且有时见到黄色的斑点。在霰粒肿病变处结膜一般呈青灰色或稍充血，表面一般是光滑的。
⑶霰粒肿切开时，里面可见含一种胶质样内容物，如有继发性感染和液化，就会有灰黄色液体从切口处溢出。在癌瘤则是质地硬而脆的黄白色肿瘤组织。霰粒肿自动穿破后，可形成息肉样肉芽组织，不象在癌瘤中所见到的那样表面粗糙的菜花样肿物。
⑷青年时期腺体机能分泌旺盛，容易发生霰粒肿。人到老年，腺体趋向萎缩，分泌功能减少，所以在老年人霰粒肿比较罕见。因此在老年人有反复发作的霰粒肿出现时，必须警惕睑板腺癌发生的可能性，最好将切出的病变组织进行切片检查，明确病变性质，以免误诊。
2.鳞状细胞癌：睑板腺癌在病理上和鳞状细胞癌十分相似，但在临床上这两者却有显著区别。
⑴睑板腺癌好发在上睑；鳞状细胞癌多发生在下睑。睑板腺癌位置较深，在睑板当中或在眼睑皮下深层，而鳞状细胞癌因为起于皮肤表皮，位置一般较浅。
⑵早期的睑板腺癌非常像霰粒肿，早期鳞状细胞癌在皮肤表面似痣或乳头状瘤。晚期的睑板腺癌的年龄比鳞癌还要大些。
⑶睑板腺癌女性患者比男性多，而鳞癌的患者则男性远多于女性。年龄都比较大，但睑板腺癌的年龄比鳞癌还要大些。
⑷两者都可以发生转移，但鳞状细胞型睑板腺癌的转移率60%）比鳞状细胞癌的转移率（10%）更高些。
3.基底细胞癌：睑板腺癌单纯根据病理，非常容易误诊为基底细胞癌，因此应当结合临床方面的表现进行鉴别。
⑴睑板腺癌病变位置较深，在皮肤和结膜之间，基底细胞癌一般多起源于皮肤表皮，病变位置较浅，病变部位多位于下睑近内眦处。
⑵早期的睑板腺癌似霰粒肿，晚期在皮下形成核桃状分叶的硬块，溃破后，有黄白色癌组织暴露，形似菜花状。基底细胞癌早期似痣，晚期则形成硬底潜行卷边的典型蚕食性溃疡。
⑶睑板腺癌患者女性比男性多；在基底细胞癌，则男女约略相近。
⑷基底细胞型睑板腺癌的转移率约为40%，而皮肤基底细胞癌则基本不发生转移。