1.对症治疗
有高热剧痛者予以解热、镇痛处理。有明显溶血者，可予输血。注意休息、饮食。
2.药物治疗
药物治疗首选克林霉素，20mg/(kg?d)，肌内注射7～10天。对早产婴儿接受输血而感染微小巴贝虫者，可加用奎宁，25mg /(kg?d)，口服7～10天。应用万古霉素治疗，成人剂量每日500mg-2g，日服3～4次，连服7-10天。对已摘除脾脏的成人患者，可用克林霉素60mg/(kg?d)肌内注射7天，同时口服奎宁650mg，3次/d连服7天。单用克林霉素肌内注射或与奎宁口服配伍使用，是近年来用于治疗微小巴贝虫所致人巴贝虫病的安全有效药物，两药配伍使用既能迅速退热，又能减少原虫血症。硫酸奎宁与氯喹配伍使用，亦有疗效。