对轻、中度感染者无需处理，重度感染者应予高蛋白质易消化饮食，纠正贫血给予铁剂，合并阿米巴痢疾用甲硝唑抗阿米巴治疗，合并细菌性痢疾应用抗生素治疗。
1.药物驱虫治疗
(1)阿苯达唑 胶囊或片剂顿服，连服2天，虫卵阴转率43.2%～52.7%，副作用轻，重度感染的疗程为5～7天，未见明显副作用，偶有头昏、恶心、腹痛、吐虫或一过性转氨酶升高等轻微反应，可自行缓解。
(2)甲苯达唑 连服3天，治愈率为60%～80%，未治愈者虫卵显著减少，儿童剂量减半，重度感染可治疗6天或重复一个疗程，患者耐受良好，仅轻微胃肠反应，孕妇禁忌12岁以下儿童慎用。甲苯达唑、左旋咪唑(复方甲苯达唑)片疗效80%～83.8%。
(3)奥克太尔 口服，2天疗法，治愈率为57%。或连服5天，治愈率达100%。副作用轻而短暂，可自行缓解。
(4)复方噻嘧啶 每片含噻嘧啶和奥克太尔，顿服，送服2天，虫卵阴转率达93.8%，并对蛔虫、钩虫、蛲虫均有良好效果。
(5)奥苯达唑 顿服，治后4周虫卵定性复查结果，阴转率分别为70.4%、70.4%与53.3%。
(6)氟苯达唑 连服2天，治愈率为86%。
(7)肠虫清 主要成分为阿苯达唑，顿服，虫卵阴转率为71.7%，该药副作用少，偶有头痛、胃肠不适，一般在48小时即可自行消失，1岁以下儿童及孕妇不宜服用。
(8)中药治疗 槟榔煎剂，服药前一日晚先服硫酸镁，次晨将槟榔煎剂分次服下，服药后3小时不泻者，再服硫酸镁1次。
(9)氧气驱虫 于早饭后2小时，经肛门缓慢(30分钟)注入氧气500ml，45分钟后，口服硫酸镁1次，于第2、第3天如上法再分别注入氧气750ml及1000ml，注入氧气后轻轻按摩患者右下腹部，并让患者仰卧小时，这种疗法无任何副作用。
2.纤维结肠镜治疗
感染严重时，使用药物治疗常不能完全治愈，可用内镜钳取法，在直视下用活检钳轻轻夹住虫体，从肠黏膜内拉出。