肠系膜静脉血栓形成的早期诊断较为困难，多数病人因肠坏死行剖腹探查时才得以确诊，该病发病较慢，当急性完全性血管阻塞时可出现剧烈腹痛时并腹膜刺激征，非阻塞性的肠系膜血管缺其临床表现与急性肠系膜动脉栓塞相似，惟过程较慢。