西医病因：
1.遗传因素:很多病人从童年开始即有肠道易激综合征，并常有家族史，说明与遗传有关。
2.精神因素:本病症状发作与加重均与情绪紧张有关。焦虑、激动、抑郁、恐惧等因素刺激机体，影响植物神经功能，从而引起结肠运动功能和分泌功能失调，临床上约半数以上患者存在失眠、多梦、易怒、头晕、头痛等精神症状，表明本病与情绪改变有关。另Almy等曾证明：情绪激动的谈话可引起结肠张力增加。情绪是加剧肠道易激综合征的因素，而不是原发因素。
3.胃肠反射:肠道易激综合征病人饭后的胃肠反射较正常人增强，表现为肠壁肌张力增高，蠕动增强。临床表现为饭后急于排便。
4.饮食因素:有些病人可因乳糖酶缺乏发生乳糖类消化不良，很多病人可因进食冷饮或刺激性食物发作。
5.结肠分泌和吸收功能障碍:肠道易激综合征便秘患者可能与粪渣在结肠内运行过缓有关。腹泻患者结肠内前列腺素E2增高，可促进结肠粘膜粘液分泌，加上支配结肠的神经调节紊乱;因而肠道易激综合征常有粘液便，且多与腹泻同时存在。
6. 肠道菌群失调:正常人肠道以厌氧菌为主，其中以真杆菌、双歧杆菌、粪杆菌为多。
7.药物:泻药常可引起腹泻和便秘交替出现。其他药物也可引起结肠高度过敏。
8.肠道动力学改变研究表明肠道易激综合征患者有结肠动力学改变。 9.其他:人体内分泌的影响，胃肠激素的变化、微量元素(镉含量过高，锌含量相对过低)的改变、气候变化，以及肠道寄生虫病和肠道感染后遗症等，改变结肠的反应性，可诱发和加重病情。
中医病因：
1.感受寒邪外感寒邪风冷，侵袭于中，或寒冷积滞阻结胃脘，或恣食生冷太过，中阳受伐，均可导滞气机升降失常，阴寒内盛而成本病。
2.寒自内生多由素体阳虚，脾阳不运，脏腑虚而有寒;或因中阳虚馁，寒湿停滞;或因气血不足，脏腑失其温养而致本病。
3.饮食所伤饮食过量，停滞不化;或恣食肥甘;或误食生冷不洁之物，损伤脾胃，致运化失职，水谷精华不能吸收，反停为湿滞而成本病。
4.气机郁滞忧愁思虑太过;或久坐少动;或外科手术后肠道粘连;或跌打损伤伤及胃肠;或虫积肠道;或肺气不降;均可导滞大肠气机阻滞，通降失常，传导失职而成为本病。
5.瘀血阻络肝气郁滞，气滞血瘀;或久病迁延，病久入络;或寒邪凝滞，气血运行不畅而致瘀血阻络而成本病。
