1.水痘-带状疱疹病毒所引起的假性树枝状角膜炎 病灶细小，分叉或末端无结节样膨大。
2.棘阿米巴引起的假性树枝状角膜炎 睫状充血及眼疼较剧，由角膜中央沿神经分布向角膜周边部呈放射状细胞浸润，称为放射状角膜神经炎(radial keratoneuritis)。
3.复发性角膜糜烂 具有复发倾向，早晨起床时发生，眼病加重，下午和晚上缓解，病灶周围无灰白色隆起的上皮浸润缘。
4.配戴角膜接触镜所引起的假性树枝状角膜炎 双眼发生，上皮缺损病灶多位于角膜周边部镜片缘与角膜交叉接触的部位。
还应与其他原因如牛痘、流行性腮腺炎等引起的盘状角膜炎相鉴别。
