堪萨斯分枝杆菌在脓肿和坏死组织中可查到抗酸杆菌。堪萨斯分枝杆菌表皮层增厚，角质增生伴角化不全。真皮内慢性肉芽肿性炎症，见有单核或多核巨细胞，可伴小脓肿或坏死。其他检查如下述：
1.X线检查 早期X线无明显改变，但可证实以前的病变，可估价功能恢复的程度。拍摄对侧关节的X线，进行两侧对比可以发现一些细小的病变，X线的定期复查有助于监测治疗的结果。X线的表现为软骨下骨疏松，近关节的骨质腐蚀，软骨破坏，关节间隙变窄，关节面的骨小梁增生。髋关节的关节腔扩张，软组织阴影增大
2.关节造影 除显示关节内的各种结构，还能显示关节囊和韧带的损伤。常常可以显示肩袖的断裂以及肱骨头的半脱位。此外还可显示股骨头的位置及其完整性和破坏的情况。
3.CT检查 解剖结构复杂的部位(如脊柱)以及病变的部位为骨组织包围时，CT检查的诊断价值较高，然而在颈部或周围关节，则诊断价值较小。CT可以显示骨的破坏、空洞形成、死骨以及椎旁组旁可形成脓肿，还可以显示体内较深的部位，如骶髂关节的肿胀和渗出。
4.磁共振(MRI)检查 MRI能详细清晰地显示并区分肌肉、骨骼以及软组织结构。而CT几乎无法区分这些结构。此外，MRI还可清楚地显示关节软骨以及儿童的生长软骨，能将膝关节半月板的纤维软骨显示出与关节软骨明显不同的低强度结构。并能清楚地显示感染延伸到临近关节的软组织。但MRI对死骨及钙化灶的显示不如CT，扫描时间也较长。此外，对体内带有顺磁性金属者如人工关节、血管夹、起搏器等，不宜行MRI检查。
