目前治疗肝门部胆管癌的方法繁多，有手术切除、化疗、放疗、免疫治疗、生物治疗、中草药治疗和介入治疗，但最有效的方法仍为手术切除。
1. 根治性切除术
随着影像学诊断技术的发展和手术技术的进步及治疗态度的转变，该病的手术切除率有明显的提高。1985年以前该病的手术切除率仅占10%，而目前手术切除率可达64.1%。肝门部胆管癌只有彻底手术切除，才能给患者提供唯一可能治愈的机会，且其改善患者生活质量的作用远优于各种引流术。因此，对于肝门部胆管癌的治疗应采取积极的手术态度，力争切除肿瘤。
根治性切除手术包括肝外胆道切除、肝十二指肠韧带上血管“骨骼化”、广泛切除十二指肠韧带上的纤维脂肪组织、神经、淋巴，必要时切除一侧肝叶，重建肝管空肠吻合。肝门部胆管癌多有尾状叶浸润，侵犯汇合部或左、右肝管者均须切除尾状叶，并被认为是否合并尾状叶切除是影响肝门部胆管癌患者长期生存的主要相关因素之一。
Nagino等主张肝段切除+尾叶切除进行治疗，报道193例，其行肿瘤切除138例，其中124例合并肝段及尾叶切除，合并门静脉切除41例，并肝胰十二指肠切除16例;其住院病死率为9.9%(12例)，治愈切除97例，3年存活率为42.7%;5年存活率为25.8%。认为在正确估计侵犯程度的基础上积极行肝切除可改善预后。
2.姑息性手术
2.1左侧肝内胆管空肠吻合术
一般在镰状韧带左侧找到扩张的左外叶胆管，与空肠吻合。该方法手术相对简单，但一般只能引流左半肝，我院大部分不能手术切除的肝门部胆管癌用该方法或同时加用U型管引流，通过U管侧孔内引流，使全肝胆道起到引流减黄的作用。
2.2右侧肝内胆管空肠吻合术
近年不少学者采用右肝管-胆囊-空肠吻合术。这种内引流术不需分离胆囊，创伤小，手术也较简单。
2.3置管引流术
胆道内支架直接支撑肿瘤段狭窄胆管，将梗阻近段胆汁通过患者自身胆管达到内引流目的。放置胆道内支架管的方法有：经皮肝穿刺胆道(PTD)放置内支架、经十二指肠镜(ERCP)放置内支架、经剖腹探查术中放置内支架、经外引流管运用介入方法放置内支架。近年来，随着介入治疗技术的发展，经肝穿刺胆管内置放记忆合金支架引流，或剖腹经胆总管向肝内胆管置放记忆合金支架引流，取得了良好的疗效。合金支架经胆管穿过肿瘤上、下端，使梗阻的胆汁经支架流入肝管下段而进入十二指肠。但记忆合金支架价格昂贵，而且一般基层医院难以开展。
3.原位肝移植术(OLT)
肝门部胆管癌具有肝内转移、生长缓慢、肝外转移较晚的特点，故有学者提出其可作为肝移植的一个良好的适应证。具体做法是选用原位肝移植，胆管重建，并行胆总管与受体空肠Roux-Y吻合，最大限度的切除患者的近端胆管，防止复发。
肝门部胆管癌肝移植术的适应证为：
①已确诊为国际抗癌协会分期(UICC)Ⅱ期患者，剖腹探查无法切除者;
②拟行R0切除但因肿瘤中心型浸润，只能做到R1或R2切除者(R0切除：切缘无癌细胞;R1切除：切缘镜下可见癌细胞;R2切除：切缘肉眼可见癌细胞);
③手术后肝内局部复发者。国外报道，行全肝切除加原位肝移植术，术后生存率与根治性切除组无明显差异甚至优于根治性切除组。