多数用于治疗本病的药物对滋养体有较强的活性，而对包囊阿齐霉素和阿托伐醌可能有一定作用外，余均无效。
1.免疫功能正常者：
方案1：磺胺嘧啶和乙胺嘧啶联合。
方案2：乙酰螺旋霉素：一日三次口服
方案3：阿奇霉素：顿服。可与磺胺药联合应用(用法同前)。
方案4：克林霉素：一日三次口服。可与磺胺药联合应用(用法同前)。
2.免疫功能低下者：可采用上述各种用药方案，但疗程宜延长，可同时加用γ-干扰素治疗。
3.孕妇可用乙酰螺旋霉素(或克林霉素或阿奇霉素)。
4.新生儿可采用螺旋霉素(或乙胺嘧啶)+磺胺嘧啶，或阿奇霉素。
5.眼部弓形虫病可用，①磺胺类药物+乙胺嘧啶(或螺旋霉素)：疗程至少一个月;②克林霉素：每日4次，至少连服3周。若病变涉及视网膜斑和视神经头时，可加用短程肾上腺皮质激素。