治疗包括采用药物(如前列腺癌的激素治疗)，器械(如内镜，碎石)或手术排除梗阻。如肾功能受损，尿路感染持续或疼痛明显，应对肾盂积水进行迅速引流。对严重的梗阻性尿路疾病,尿路感染和结石可能需行暂时性引流。经皮技术可用于大多数病例。下尿路梗阻可能需行导尿管引流或作尿流改道。对某些患者可内置猪尾巴输尿管导管作急性或长期引流。必须对尿路感染和肾衰进行积极治疗。
有疼痛和利尿后肾图阳性的患者，应考虑手术治疗。而对无症状患者在利尿后肾图阳性但肾功能正常或利尿后肾图阴性的无需治疗。
治疗尿路结石从两方面考虑，一是治疗原发病如代谢紊乱、感染或已存在的解剖因素;另一方面是处理结石的并发证即梗阻，感染。最简单而有效的是大量饮水，稀释尿可延缓尿石生长及防止尿石再发，有感染时大量饮水多可促进引流。改变尿pH也可防止结石复发，胱胺酸更易溶于 pH在7.5以上的尿液中，苏打及枸橼酸钠可碱化尿液。别嘌呤醇口服可减少尿酸及2，8-双羟腺嘌呤的产生，故对控制该类结石复发有效。既往手术适应证为：①结石过大，估计不能从尿路排出者。②伴发肾积水、感染，引致肾功能减退者。③经常发生严重疼痛及大量血尿，影响健康者。④急性梗阻性无尿或少尿。⑤经长期施用非手术疗法无效者。对于输尿管结石，针刺和中药治疗效果都较好。在梗阻或感染较重的病例以及结石较大，用上法不能排出结石时，仍应考虑输尿管切开取石术。较小的膀胱结石，可试用中药化石及抗感染治疗。如结石较大，则应做耻骨上膀胱切开取石及造瘘。小儿肾结石多可经体外震波碎石处理;经内腔镜、经皮取石在小儿应用较受限。