应与鳞状细胞癌、Bowen病、Paget病、日光角化病、脂溢性角化病等鉴别。
1.结节型初期应与传染性软疣和老年性皮脂腺增生等鉴别，后者的损害中央常有充以角蛋白的点状凹陷。
2.溃疡型应与溃疡型鳞状细胞癌鉴别。
3.色素型应与恶性黑瘤等鉴别 基底细胞癌边缘内卷，有毛细血管扩张，色泽呈褐色，周围无色素晕。早期色素增加的基底细胞癌与传染性软疣、老年性皮腺增生则难区别，后者可见在损害中央有充以角蛋白的点状凹陷。
4.硬化型基底细胞癌质地似局限性硬皮病，但前者边缘常不十分清楚，最后诊断主要靠组织病理检查。
5.表浅型易与湿疹、银屑病、寻常疣、角化棘皮瘤、鳞癌或传染性软疣相混淆，但若注意其线形边缘，可资鉴别。当基底细胞癌表面有明显结痂或鳞屑时，应与寻常疣、角化棘皮瘤和鳞癌等相鉴别。浅表型基底细胞癌则颇似湿疹、扁平苔藓、银屑病，但要注意其线形边缘不清楚，可与局限性硬皮病相鉴别。另外表浅型基底细胞癌的鳞屑易于剥去,但最终往往靠病理检查来确定。
6.纤维上皮瘤型应与纤维瘤鉴别。
7.囊性基底细胞癌应与其他皮肤囊肿鉴别。仅凭肉眼观察误诊率极高，必须通过组织病理学检查，方可确诊。
