脊髓内脓肿的致病菌大多为金黄色葡萄球菌，少数为链球菌、肺炎球菌、大肠杆菌、真菌(如放线菌)等。曾发现绦虫裂头蚴导致脊髓内脓肿者。部分病例找不到致病菌。感染原因和途径包括：
1.远处感染灶的血源性播散
可经动脉或静脉进入脊髓。临床上常见继发于肺部、心脏(亚急性心内膜炎)、泌尿生殖系统、人工流产并发感染以及体表皮肤化脓性感染等。脓肿可发生于任何脊髓节段，但以胸髓背侧好发。
2.邻近感染灶的蔓延
在解剖上脊髓的蛛网膜下腔经脊神经与纵隔、腹腔、腹膜后间隙的淋巴管相通，因此感染可经淋巴管进入脊髓，伴或不伴脑膜炎。半数病人来源于腰骶部感染和尾部藏毛窦感染。脓肿大多发生在原发感染灶相邻近的脊髓。
3.创伤后感染
多见开放性脊髓外伤、腰穿等。
4.隐源性感染
指感染来源不明。
5.其他来源
少部分脊髓内脓肿是由于患者感染了HIV。