急性胃肠炎若得不到及时治疗，可引起肠息肉，肠狭窄，肛窦炎，便血以及肛管炎等并发症。
1.大量便血：指短时间内大量肠出血，伴有脉搏增快，血压降及血色除低，需要输血治疗。
2.肠狭窄：多发生在病变广泛、病程持续长达5~25年以上的病例，其部位直肠，临床上一般无症状，严重时可引起肠阻塞，在本病出现肠狭窄时，要警惕肿瘤，鉴别良性恶性。
3.肛管炎：这是本病的一个并发症，经常与直肠炎并称为肛管直肠炎，肛管炎久拖不治亦有癌变危险。
4.肛窦炎：直肠炎不及时治疗，可并发肛窦炎等肛肠病，并有继发肛周脓肿的危险。
5.肠穿孔：皮质激素的应用被认为是肠穿孔的一个危险因素。
6.肠息肉、结肠癌：直肠炎超过五年，肠道溃疡面在炎症的长期刺激下容易异常增生，引发肠息肉，一厘米以上肠息肉癌变率极高。约5%病例发生癌变。
7.便秘：大便秘结4—5日排便一次，粪便如羊屎样，甚则不吃泻药不能通便。
8.腹泻：因炎症刺激所致，程度轻重不一，腹泻为本病最主要症状。轻者每天3—4次，呈软便或糊状便，可混有粘液和脓血;重者数十次或腹泻与便秘交替出现。
9.腹痛：轻度病人无腹痛或仅有腹部不适。一般有轻度至中度腹痛，系左下腹阵痛，可涉及全腹有能一便意一便后缓解的规律。
10.其他症状：腹胀、消瘦、乏力、肠鸣、失眠、多梦、怕冷，严重者有可发热，心跳加速，以及衰弱，贫血，失水，电解质平衡推敲和营养障碍等表现。
