组织病理：上皮过度角化或萎缩。活动性底细胞退行性变，在上皮和结节可见胶状小体。真皮层可有以单核细胞为主浸润，淋巴细胞迁移进入上皮层，从而使上皮与结缔组织界线不清，浆细胞除在齿龈皮损活检中多数外，其他皮损活检均不占多数。有时，基底膜呈现玻璃样变性，PAS染色这种表现更为明显。
免疫组织化学染色显示多数免疫球蛋白沉积于胶样体，少数沉积于细胞表面。基底膜区可见纤维素沉积物，真皮层以CD4 淋巴细胞浸润为主，上皮间和基底区以CD8 淋巴细胞浸润为主。上皮朗格汉斯细胞数正常，但更呈多形性且表达HLAⅡ类抗原。口腔扁平苔藓角质形成细胞表达HLAⅡ类抗原，但不能与非特异性齿龈炎、红斑狼疮和念珠菌性唇炎相鉴别。药物相关性苔藓样疹的朗格汉斯细胞抗原性不同于特发性扁平苔藓，即使它们的临床表现和组织病理表现极为相似。
