胚胎发育时遗留于组织中的上皮细胞发展而成。口底皮样或表皮样囊肿，是因第一、第二对鳃弓在中线融合时被埋入的上皮残余发展而来。也可为获得性植入囊肿，是创伤时上皮被带入组织深部发展所致。