由于肠道病毒血清型过多(有近70个型)，因此未能制成有效可行的疫苗，预防措施的效果远逊于脊髓灰质炎。
1.管理传染源 患者应予隔离2周，管理传染源的重点应放在托幼机构和产房;怀孕妇女患有肠道病毒性疾病者，对新生儿有很大威胁，应注意隔离。
2.切断传播途径 加强饮食管理和个人卫生，不吃脏水污染过或苍蝇爬过的食物，避免在污水中游泳。自来水宜煮沸后饮用。因患者口咽部可能排出病毒，接触这些患者时应戴口罩。流行期间，减少集体活动。患者粪便需加20%生石灰和含氯石灰混悬液等量，混合后作用2h，才可排入下水道。
3.保护易感者 接触患者的婴幼儿可肌内注射丙种球蛋白3～6ml，以预防感染，对年长儿及青年人不必采用。口服脊髓灰质炎疫苗OPV也可试用，利用其在肠道内的干扰作用，有可能控制脑膜炎的流行。应用柯萨奇B组病毒制成的疫苗于高危人群，有可能预防婴儿心肌炎的流行。
