临床须与菌痢、溃疡性结肠炎、假膜性小肠炎相鉴别。
1，细菌性痢疾(bacillary dysentery)是由痢疾杆菌引起的肠道传染病，好发于夏秋季。临床主要表现为发热、腹痛、腹泻、里急后重和黏液脓血便，严重者可发生感染性休克和(或)中毒性脑病。
2，溃疡性结肠炎与克罗恩病都属于炎症性肠病(IBD)，这两种疾病都是以反复发生的肠道溃疡为特征，患者常表现为腹泻、粘液血便及腹痛，并且症状很相似，所以有些时候，即使是医生也很难明确作出诊断。
3，假膜性肠炎(pseudomembranous enteritis，PME)是一种急性肠道炎症，因在小肠或结肠的坏死黏膜表面覆有一层假膜而得名，本病易发生在大手术和应用广谱抗生素后，故又有人称之为手术后肠炎、抗生素性肠炎。