1.心力衰竭 充血性心力衰竭是感染性心内膜炎患者最常见的并发症，可发生于任何阶段。与其他并发症相比，心力衰竭可严重影响感染性心内膜炎的预后及其疗效，也是主要致死原因。瓣膜严重损坏、心肌脓肿和栓塞性心肌梗死是引致心衰的主要原因。
2.栓塞 约有2/3急性心内膜炎并发动脉栓塞，而亚急性患者约占1/3。按照其发生率的次序为脑、肺、心脏、脾及四肢动脉。由于老年人常患有动脉粥样硬化，也易发生动脉栓塞，栓塞的后果取决于栓子大小和栓塞部位。
3.其他 此外尚有心肌梗死，传导障碍，心律失常，心肌炎和心肌脓肿等。少见的并发症还有细菌性动脉瘤，肾功能障碍以及转移性感染等。
心肌脓肿是感染性心内膜炎行瓣膜置换术后较罕见的并发症，据文献报道，此并发症仅占二尖瓣置换术的0.5%～2.0%，死亡率为75%。瓣环脓肿更为少见，逐渐波及心室壁，严重时可穿破心室壁。心肌脓肿的感染细菌以金黄葡萄球菌为常见，其次为肺炎双球菌和链球菌。