需与细菌性感染相鉴别。
细菌引起的感染。包括医院外感染和医院内感染。引起医院外感染最常见的细菌为革兰氏阳性菌如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、化脓性链球菌和革兰氏阴性的如大肠杆菌、流感嗜血杆菌等；引起医院内感染的则多为有耐药性的金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肠球菌、克雷伯氏杆菌、产气杆菌和绿脓杆菌等。偶有难治的不动菌属引起的感染。院外感染的细菌对抗生素敏感，故院外感染容易控制，而院内感染则较难治。
毛滴虫病常通过共同浴盆、浴池、毛巾、游泳池、不洁器械互相传播，也可通过性接触而感染。自觉不同程度瘙痒，少数有灼热感，常引起尿道炎，可致膀胱炎、前庭大腺炎，在男性引起尿道炎和前列腺炎。