临床上此囊肿与表皮囊肿不能区别，不同者是毛发囊肿约90%发生于头皮部，比表皮囊肿少见，通常为单发，但也呈多发性;女性发病远高于男性。此外与表皮囊肿相反，毛发囊肿容易被剜出，呈坚实、光滑白璧囊肿。

根据临床表现和组织病理可以诊断。