1、尿路平片及造影：根据两侧肾影靠近脊椎及低位，长轴相互平行或上极向外倾斜而下极向内靠
马蹄肾医学影像近即可怀疑马蹄肾，有时可见连接的肾下极的峡部轮廓。尿路造影可明确诊断，最显目的征象是下肾盏指向中线，肾孟肾盏长轴上端向外下端向内呈倒“八”字形，输尿管向中线靠近。
2、B超：可清楚显示两肾下极相连，横过下腔静脉和腹主动脉前方。
3、CT：可直接显示两肾下极融合部即峡部横过主动脉前方，且由于肾旋转不良，肾盏位于肾前方，输尿管越过峡部两侧前方下行。但马蹄肾位置一般较低，需扫描到较低位置才能确定诊断。
4、IVU：可显示肾位置较正常低，两侧肾盂阴影下垂、靠拢、肾轴自外上方向内下方倾斜。双输尿管从峡部前方跨过，并可能有梗阻表现。
5、MR和核素还可以从冠状位显示两肾下极融合情况。